染色質免疫沉澱 (Chromatin immunoprecipitation, ChIP)

染色質免疫沉澱 (Chromatin immunoprecipitation, ChIP)

染色質免疫沉澱 (Chromatin Immunoprecipitation, ChIP) 技術常用於研究 DNA 與蛋白質的交互作用，透過抗體抗原的反應特性，可忠實呈現細胞內蛋白質與基因組結合的情形。一般而言，進行染色質免疫沉澱的實驗步驟包含: 1. 細胞固定。 2. 染色質斷裂。 3. 染色質免疫沉澱。 4. Reverse crosslink。 5. DNA 純化。 6. DNA 鑑定。

因為步驟繁複，針對每個步驟皆有相對應的品質控制步驟。以染色質斷裂為例，斷裂方法大多為酵素切割或超音波斷裂，將染色質片斷化至約 400-600 bp 的片段。若片段過大使目標蛋白無法暴露出來進行後續的沉澱反應，反之，過於碎裂的染色質片段則會造成後續的 DNA 鑑定無法得到足夠或喪失有用的資訊。因此，染色質片斷化程度是一個相當重要的檢驗點。目前的檢驗方式大多是使用 Agarose gel 進行分析，但片斷化後的樣品在膠體上大多呈現 smear 的狀態，無法得知確切的片段大小資訊或相對應的比例。

在這個案例上，BiOptic 的 Qsep 平台即成為一個強而有力的檢驗工具。Qsep 不僅有片斷化後的 DNA 大小資訊，同時也提供各片段含量比例，並可直接產出標準化的報告，協助實驗人員可調整其碎裂方法的調整及成為進行後續實驗的參考。

本樣品是針對核小體 (Nucleosome) 進行超音波碎裂，每一個核小體由約 146 bp DNA 及 8 個組蛋白組成。分析結果顯示，100-200 bp 的含量約有 35%，平均片段大小為 144 bp。