究竟 CE 能在 NGS 品管扮演什麼樣的角色？
CE 是利用電泳原理將核酸片段進行分離，而由於整個過程都是在毛細管內進行，因此所需樣本量很低，電泳時間也可縮短，但卻能提供高於一般電泳數十倍的解析度。基於此特性，CE 最常被用在下列 NGS 品管關卡：
1.分析樣本核酸的完整度：純化後的核酸可透過 CE 確認降解 (degradation) 情形，避免誤用高度降解的核酸進行後續核酸片段庫的建置。
2.進行樣本核酸的定量：儘管核酸定量多使用螢光光譜分析技術，但「眼見為憑」仍有其品管價值，而 CE 的電泳結果圖有助於確認實際核酸濃度和螢光光譜分析結果之間是否存在明顯誤差，尤其是確認核酸片段庫是否有接合體雙體 (adapter dimer) 存在，光靠定量是無法分辨，進而影響定序資料量。
3.分析核酸片段的長度分布：核酸片段庫的製作過程需將樣本核酸裁切為特定長度範圍內的片段，並進行各種標記和處置以利後續定序。核酸片段庫的建置相當費時費工，品質也會直接影響定序結果，因此一般都會在樣本核酸裁切、末端修飾、鎖定目標區域、及片段放大等步驟後用 CE 各執行一次片段長度分布分析，以確保核酸片段未過度降解、片段長度適中、無引子或其他標記的殘留、且沒有其他雜質或污染。在此同時也可確認片段長度分布落於定序儀的定序長度限制內，避免有定序不全或偽陰性結果出現。